BLASTN 2.11.0+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: Asclepias_syriaca_v0.3_chromosomes.fa 673 sequences; 317,062,912 total letters Query= Untitled_sequence Length=3203 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AS0.3ch11 3341 0.0 >AS0.3ch11 Length=22624652 Score = 3341 bits (1809), Expect = 0.0 Identities = 2081/2211 (94%), Gaps = 23/2211 (1%) Strand=Plus/Minus Query 806 CCTGTTC-TTTTTGGTGGCTTTCTGTAGATTATGATGTTATTGTTTGTGAAAGCTTTATG 864 ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 14866053 CCTGTTCACTTTTGAAGGCTTTATGTAGATTATGATGTTATTGTTTGTGACAGCTTTATG 14865994 Query 865 TAATTGTTGCGTGAAGTGGATTTCTTGAAGGTTCTTATGCCCTCTTTAATGGTTACACAG 924 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| Sbjct 14865993 TAATTGTTGCATAAAGTGGATTTCTTGAAGGTTCTTATGCGCTCTTTTATGGTTACACAG 14865934 Query 925 GATGCTTTGCCCACATTTCCAGATGCTGAGGCATTCTCCTGCATTGAGAAAGAGTTGGGA 984 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14865933 GATGCTTTGCCCACATTTCCAGATGCTGAGGCATTCTCCTGCATTGAGAAAGAGTTGGGA 14865874 Query 985 CGGCCACTTGATTCAATCTTCTCACTAATATCTTCATCTCCAATTGCCGCAGCAAGTTTG 1044 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 14865873 CGGCCACTTGATTCAATCTTCTCAC-AATATCTTCATCTCCAATTGCTGCAGCAAGTTTG 14865815 Query 1045 GGACAAGTTTATAAAGCTGAACTCAAATACTCAGGCCAGGTTGTTGCTGTGAAGGTTCAG 1104 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 14865814 GGACAAGTTTATAAAGCTGAACTCAAATACTCAGGCCAGATTGTTGCTGTGAAGGTTCAG 14865755 Query 1105 CGGCCTGGTATAGAAGAGGCTATAGGTCTGGACTTTTACCTGATTAGGGGTCTAGGCTTC 1164 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 14865754 CGGCCTGGTATAGAAGAGGCTATAGGTCTGGACTTTTACCTCATTAGGGGTTTAGGCTTC 14865695 Query 1165 CTTATAAACAAGTATGTTGATATAATTACAAGCGATGTCATTGCTCTTATCGATGAATTT 1224 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||| Sbjct 14865694 CTTATAAACAAGTATGTTGATATAATTACAAGTGATGCCGTAGCTCTTATCGATGAATTT 14865635 Query 1225 GCTCGTAGAGTTTACCAAGAATTAAACTATGTCCAGGTTAGTTGCTTCTTTCTGACCTAT 1284 ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 14865634 GCTCGCAGAGTTTACCAAGAATTGAACTATGTCCAGGTTAGTTGCCTCTTTCTGACCTAT 14865575 Query 1285 TCCATTACC-ATACTGACTTTGCATCTAAACAGATAT---ATCCACAGCACTA-CATGAT 1339 ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||| | ||||| |||| Sbjct 14865574 TCCATTACCCATACTGATTATGTATCTAAACAGATATGAGATCCATAACACTATGGTGAT 14865515 Query 1340 TTTGTAATTCGTATAGTTTTCTACTAGATTTGATGTTAAATTTGACAGGTCTGTGCAGGA 1399 ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14865514 TTTGTCATTTGTATAGTTTTCTACTAGATTTGATGTTAAATTTGACAGGTCTGTGCAGGA 14865455 Query 1400 AGGTCAGAATGCACGAAGGTTTAGAAAGTTGTATGCTGACAAGGAAGATGTTTTAGTCCC 1459 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 14865454 AGGTCAAAATGCACGAAGGTTTAGAAAGTTGTATGCTGACAAGGAAGATGTCTTAGTCCC 14865395 Query 1460 TGATATCTTTTGGGACTATACAAGTGGCAAAGTTCTAACAATGGAGTGGATTGAAGGTGT 1519 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 14865394 TGATATCTTTTGGGACTATACAAGTGGTAAAGTTCTAACAATGGAATGGATTGAAGGTGT 14865335 Query 1520 CAAATTAAATGAGCAGGATGCCATTGAGAGACAAGGGCTAAAGGTCTTGGATCTGGTGAA 1579 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14865334 CAAATTAAACGAGCAAGATGCCATTGAGAGACAAGGGCTAAAGGTCTTGGATCTGGTGAA 14865275 Query 1580 CACAGGTATACAATGCAGTCTTCGACAGCTACTTGAATATGGGTATTTCCATGCAGACCC 1639 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14865274 CACAGGTATACAATGCAGTCTTCGGCAGCTACTTGAATATGGGTATTTCCATGCAGACCC 14865215 Query 1640 TCATCCTGGAAATCTATTGGCAACACCTGAGGGGAAGCTTGCATTTATTGATTTTGGAAT 1699 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14865214 TCATCCTGGAAATCTATTGGCAACTCCTGAGGGGAAGCTTGCATTTATTGATTTTGGAAT 14865155 Query 1700 GATGAGTGAAACCCCTGAGGAGGCAAGACTTGCAATAATTGGTCATGTTGTTCACTTGGT 1759 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 14865154 GATGAGTGAAACCCCTGAGGAGGCAAGACTTGCGATAATTGGTCATGTTGTTCACCTGGT 14865095 Query 1760 TAATAGAGACTATGAAGCTATGGCTCGTGATTACTATGCCTTAGATTTTTTATCACCAGA 1819 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 14865094 TAATAGAGATTATGAAGCTATGGCTCGTGATTACTATGCATTAGACTTTTTATCACCAGA 14865035 Query 1820 TGTAGATGTTTCTCCTATTGTACCAGCGCTGAGGGATTTCTTTGATGATGCATTAACCTT 1879 | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 14865034 TATAGATGTTTCTCCTATTGTACCAGCGCTGAGGAACTTCTTTGATGATGCATTAACCTT 14864975 Query 1880 GACAGTGAGTGAGCTGAACTTTAAAACACTTGTGGATGGTCTGGGTGCTGTTCTATATCA 1939 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14864974 GACAGTGAGTGAGCTGAACTTTAAAACACTTGTGGATGGTCTGGGTGCTGTTCTATATCA 14864915 Query 1940 ATACCCATTTAATGGTGAGAAAGTTCTACTGCACCAG-TTTTGTTCGTTATACTCTGTTT 1998 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| Sbjct 14864914 ATACCCATTTAATGGTGAGAAAGTTCTACTGCACCAGCTTTTGTTCATTCTACTCTGTTT 14864855 Query 1999 TGTACTAATCACTTCTTACCTTCAGTGCTTCCTTTTCATTAAAAGCAGTAGTGGTGAAAT 2058 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| Sbjct 14864854 TGTGCTAATCACTTCTTACCTTCAGTGCTTCCTTTTCGTTAAAATATGTAGTGGCGAAAT 14864795 Query 2059 TCTTGAAAAATATGGTT---AATGATTTGTTCATTTATTTCTTTAGGAAAGGTATTGGAC 2115 |||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| Sbjct 14864794 TCTTGACAAATATGGTTGTTAATGATTTGTTCGTTAATTTCTTTCAGAAAGGAATTGGAC 14864735 Query 2116 AGATAAACTAGTAGATATACATTAGTAACTCAATTCCAGAATTTATCTAAA-TCCTTTCT 2174 || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| Sbjct 14864734 AGTTAAACTTGTAGATATACATTAGTAACTCAATTGCAGAATTTATCTAAAATCCTTTCT 14864675 Query 2175 ATGGTGGGTTGAAATGTTTGCAGTTCCAGCTTATTATGCATTGATTTTGAGGTCCCTTAC 2234 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14864674 ATTTTGGGTTGAAATGTTTGCAGTTCCAGCTTATTATGCATTGATTTTGAGGTCCCTTAC 14864615 Query 2235 TGTGTTAGAAGGCCTAGCTCTTTATGCGGATCCTAATTTTAAGGTACTGGCAGCTTCATA 2294 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 14864614 TGTGTTAGAAGGCCTAGCTCTTTATGCG-ATCCTAATTTTAAGGTACTGGCTGCTTCATA 14864556 Query 2295 TCCTTATTTTGCTAAAAGACTTCTTACAGATCCCAATCCATATCTCAGAGATGCTCTTAT 2354 ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || Sbjct 14864555 TCCTTATTTTGCTAAAAGACTGCTTACAGACCCCAACCCATACCTCAGAGATGCTCTAAT 14864496 Query 2355 TGAGTTGCTTTTCAAGGATGGGAAGTTCAGGTACATGGCATTTTCAGTAGTTTTCTAATA 2414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 14864495 CGAGTTGCTTTTCAAGGATGGGAAGTTCAGGTACATGGCATCTTCAGTAGTTTTCTAATA 14864436 Query 2415 AATTTCTTGACAATCACAATAACAAAATGCAATTTATATTCATTTTATCTTTGCTACCTG 2474 |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| Sbjct 14864435 AATTGCTGGACAATCACAATAACAAAGTGCAATTTATATTCAATTTGCCTTTGCTACCTG 14864376 Query 2475 ATGCTAATGGAGTTTTTAAATACTTCAGGTGGAATAGACTTGAAAACCTACTTGTACAGG 2534 ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14864375 ATGCTAATGAAGTTGTTAAATGCTTCAGGTGGAATAGACTTGAAAACCTACTTGTACAGG 14864316 Query 2535 GAAAGAAGGACAGGGATTTCTCTGCAAAAGACGCGTTGCAACCTGTCCTAAAACTCATAC 2594 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 14864315 GAAAGAAGGACAGGGATTTCTCTGCAAAAGACGCGTTACAACCTGTCCTGAAACTCATAC 14864256 Query 2595 TTGCTCCAAATGGTGAAGCACTAAGGGTGTTAGTAGTTAAAGAAGCAGTACGTGTTACTG 2654 |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 14864255 TTGCTCCAGATGGTGAAGCACTAAGGGTGTTAGTCGTTAAAGAAGCAGTGCGTGTTACTG 14864196 Query 2655 AAGCTATCATTGTGGGCACACTGCTAGAATCATACAACTCTGCACCTGCTTTTGTGAAGA 2714 |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 14864195 AAGCTATCATTGTGGGTACACTGGTAGAATCATACAACTCTGCACCTGCTTTTGTGAGGA 14864136 Query 2715 CTCTTATTTCTAGTGGTAATGCAAGTGGACCTTTCACAATGAGCATTGCTGAACAAGAAA 2774 |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 14864135 CTCTTATTTCTAGTGGCAATGCAAGTGGTCCTTTCACAATGAGCACTGCTGAACAAGAAA 14864076 Query 2775 GCATGATGGAGCTCAGGGCACAAGTATTTCGGATATGGGAGCTTTTGAGGACATCGCAGA 2834 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 14864075 GCATGATGGAGCTTAGGGCACAGGTATTTCGGATATGGGAGCTTCTGAGGACATCACAGA 14864016 Query 2835 GCTTTGACCCTGCATTATTGCAGCCGATACTACAAGTAAGAACTGTTATGCTGATTATTC 2894 ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 14864015 GCTTTGACCCTGCATTATTGCAGCCAATA-TACAAGTAAGAACTGTTTTGTTGATTATTC 14863957 Query 2895 GGCCTTTCCAGTCGTTTCACTGT-CTGGAAAAGAGTCAAGATGTCA-TTTTAATGAATAG 2952 | ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 14863956 AGG-TTTCCAGTCCTTTCACTGTTCAGGAAAAGAGTCAAGATGTCAATTTTCATGAATAG 14863898 Query 2953 TTATTTG---A---CAAAGTTCCATTCCTCAACTTCACTTCCTTCTCTTTC 2997 |||| || | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 14863897 TTATCTGGTCAATTCAAAGTTCCATTCCTCAACTCCGCTTCCTTCTCTTTC 14863847 Score = 1026 bits (555), Expect = 0.0 Identities = 726/805 (90%), Gaps = 26/805 (3%) Strand=Plus/Minus Query 2 ATTTCTTTCAGCCTTTCTAGTTGGGAG---AAAAGGACGAATAACAAAC-TCATTTTTCT 57 |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| | Sbjct 14867676 ATTTCTTTCATCCTTTCTAGTTGGGAGGGGAAAAGGACGAACTACAAACTTCATTTTTTT 14867617 Query 58 TTCT-T-TCTC---TGTCTAACAGATGAACACGCTTGCAGCGTCGTGGCCTGCCGCTGCC 112 |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| Sbjct 14867616 TTCTCTCTCTCTTGTGTCTAACAGATGAACACGCTTGCAGCGTCATGGCCTGTCGCTGCC 14867557 Query 113 AATCCTCTAGCGTTACCTTCTAGACCTAGTAGACGGAAGAAGCGGTTGAGACCTAATTCT 172 ||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 14867556 AATCCGCTAGCTTTGCCTTCTAAACCTTGTAGACGGAAGAAGCGGTTCAGACCTAATTCC 14867497 Query 173 CCACGGTTGGCACTTGTCGAGGCCAGTCCTCCTCC---GGTTACCATAATCAGAGATGGT 229 || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||| Sbjct 14867496 CCGCGGTTGGCACTTGTCGAGGCGAGTCCTCCTCCTCCGGTTACCATAATCAGGGGTGGG 14867437 Query 230 ACTGCGGCGGGCAATGATAACAACAAAGCTGGGAAGCTAGTACTGCATACCGCTACTGGA 289 ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 14867436 ACTGCGGCGGGGAATGATAACAACAAAGTCGGGAAGCTAGTATTGCAAACCGCTACTGGA 14867377 Query 290 GATGTTTACCCCGTTCCATTGTCCAGAGACCGGACCGAGGATATGCAAGCTGAAGCCACA 349 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| Sbjct 14867376 GATGTTTACCCCGTTCCATTCTCCAGAGACCGGACCGTGGATATACAAGCTGAAGCTACA 14867317 Query 350 GCTATGGCCCGGGCGGTTAATGCTTCAGTTTATTCTCCGGAATTTCTCTCTGCCAAATAT 409 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| Sbjct 14867316 GCTATGGCCCGAGCGGTTAATGCTTCAGTTTATTCTCCGGAACTTCTCACCGCCAAATAT 14867257 Query 410 GGCTCCCGTCCGAACAAGGTAACCATCTGCT-GGAAATGAAAATCGGTGGAGTTTATTTC 468 ||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 14867256 GGCTCCCGTCCGATCAAGGTA-CCATCTGTTGGGAAATGAAAATCGATGGAGTTTATTCC 14867198 Query 469 AAAATCGAGTTCCTAAACTGAAGCCTGTGAGCTTTTCTGTTCCCCT-----------TAT 517 |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| Sbjct 14867197 GAAATTGAGTTTCTAAACTGAAGCCTGTGAGCCTTTCTGTTCCCCTCTCCCCCTTTTTAT 14867138 Query 518 ATAGGTATTGAGCAGGGCACTGGAAATATTTACTGGACTTGGATCATTTGCCTTAAATTT 577 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14867137 ATAGGTATTGCGCAGGGCACTGGAAATATTTACTGGACTTGGATCATTTGCCTTAAATTT 14867078 Query 578 GTGGCTCGACCAAATTAACGGCGTAGGCGATCGAAACAGAAGATTGCGTGCTATTCAGCT 637 |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 14867077 GTGGCTCGACCAAAGGAACGGCCTAGGCGATCGAAACAGAAGATTGCGTGCCATTCAGCT 14867018 Query 638 GAGACAGACTTTCACGCGATTGGGTCCTACTTTTGTCAAAATTGGCCAGGGCTTGTCTAC 697 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14867017 GCGAAAGACTTTCACGCGATTGGGTCCTACTTTTGTCAAAATTGGCCAGGGCTTGTCTAC 14866958 Query 698 TAGGCCTGACCTCTGTCCTACAGAGTTTCTTGAAGAGCTGTCTGAATTGCAGGTACTAAC 757 |||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 14866957 TAGGCCTGACTTGTGTCCTACGGAGTTTCTCGAAGAGCTGTCTGAATTGCAGGTACGAAC 14866898 Query 758 ATCTTTATAATGTTT-GAATTTTCT 781 ||||||||| ||||| |||| |||| Sbjct 14866897 ATCTTTATATTGTTTTGAATATTCT 14866873 Score = 235 bits (127), Expect = 1e-59 Identities = 161/176 (91%), Gaps = 7/176 (4%) Strand=Plus/Minus Query 3034 TTTTGAGTTT--CACAGACACATTAATATACTTGAAG----GGTCGATCAAGCTCACAAT 3087 |||||| ||| |||| ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||| Sbjct 14863612 TTTTGAATTTCACACACACACATTAATA-ACTCAAAGCCTTTGTCGATAAAGCTCACAAT 14863554 Query 3088 TGCAAATTATGAATGACCAGGTACTTCAAGAACCTGAAGGTCGTGTTCTTGGAGGGCGTG 3147 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 14863553 TGCAAATTATGAATGAACAGGTACTTCAAGAACCTGAAGGTCGTATTCTTGGAGGGCGTG 14863494 Query 3148 TATTTGGTGGGATCACTCAACGTCTTGCTGCACGGTTACTTCAACAAGTTCTTAGA 3203 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14863493 TATTTGGTGGGATCACTCAACGTCTTGCTGCACGGTTACTTCAACAAGTTCTTAGA 14863438 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 1006295735730 Database: Asclepias_syriaca_v0.3_chromosomes.fa Posted date: Jun 11, 2021 1:59 PM Number of letters in database: 317,062,912 Number of sequences in database: 673 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5